Aşağıdaki komutlar ile yatayda sağa-sola, dikeyde yukarı-aşağı olarak yerini değiştirebilirsiniz. İkisinden biri işinizi görecektir bu yüzden hangisinin hangi işlemi yaptığını yazmadım. Bir değişiklik olmazsa öbür komutu denersiniz.
gsettings set org.gnome.shell.extensions.dash-to-dock show-apps-at-top true
gsettings set org.gnome.shell.extensions.dash-to-dock show-apps-at-top false